Le principali Sezioni in cui è articolato l'Archivio sono le seguenti:

• Sezione Visite Pastorali
  Vi si trovano i documenti riguardanti le visite pastorali, cioe' quelle effettuate personalmente dagli arcivescovi (non tutti; in particolare S.Carlo, Federico Borromeo, card. Pozzobonelli, card.Ferrari ecc.), dai loro delegati (Visitatori regionali), nonché alcune visite "vicariali" cioè effettuate dai Vicari foranei delle Pievi (tipicamente i Prevosti).
  Negli "atti" della visita, scritti in latino, il visitatore, o il notaio ecclesiastico, descrive lo stato in cui ha trovato la chiesa, il cimitero, gli altri edifici di culto e la casa parrocchiale. Vengono riportate le dimensioni degli edifici sacri, gli arredi contenuti, i libri del parroco (registri delle nascite, morti e matrimoni e libri sacri e profani); numero delle anime, specificando se sono "da comunione" o no; persone che hanno commesso colpe ritenute gravi ("inconfessi", cioè gente che non si e' confessata a Pasqua, concubini, violenti, bestemmiatori ecc.); redditi della parrocchia, legati pii, feste osservate oltre quelle di precetto, e cioe' feste "di consuetudine" o "di voto"; processioni; confraternite (tipicamente la "Scuola del Santissimo", la "Scuola del Rosario", la "Scuola della Dottrina Cristiana") e lo stato personale del parroco, con l'elenco degli ordini sacri ricevuti, il curriculum e osservazioni anche severe sulla sua persona e il suo ministero.
  Inoltre ci sono molti documenti inviati dai curati in preparazione della visita pastorale, specialmente elenchi di beni e redditi della cura ed elenchi di nascite, matrimoni e morti, e stati d'anime, che possono essere preziosi se malauguratamente mancassero le pagine originali negli archivi parrocchiali.
  Ci sono poi i "decreti" della visita, di cui normalmente dovrebbe trovarsi copia anche negli archivi parrocchiali, in cui si elencano le cose da fare, la cui esecuzione verrà controllata nella prossima visita; ad es. comprare o riparare oggetti o vesti sacre, riparare chiese o demolirle se abbandonate e pericolanti, costringere al pagamento, eventualmente con l'interdetto, gli eredi delle persone che hanno lasciato dei legati pii ecc. ecc
  Ci sono anche alcuni documenti che escono dallo schema della visita, ad es. per la Pieve di Brebbia il processo sui presunti miracoli operati da un quadro della Madonna del latte a S.Andrea, e la relazione dei danni patiti dalle chiese a seguito dei saccheggi operati dalle truppe di Francia, Savoia e Parma dopo la battaglia di Tornavento, nel 1636.
  I documenti sono organizzati per Pievi e rilegati in volumi, raramente di contenuto omogeneo come potrebbero essere ad es. per la Pieve di Brebbia le Visite dei card. Federico Borromeo, del Visitatore Pezzano e del card.Pozzobonelli, oppure le carte relative ad un singolo paese; più spesso sono "quinterni" disomogenei, spesso non datati, rilegati insieme così per caso.
  Esiste un indice scritto dal Palestra, talvolta lacunoso e generico, per cui non e' raro trovare carte interessanti in collocazione insospettata; ad es. ci sono volumi di carteggi assolutamente non indicizzati.
  
  
• Sezione Carteggio Ufficiale
  Contiene un enorme numero di lettere inviate dalla Curia ai religiosi vari (parroci, cappellani, ecc.); si tratta di un materiale interessantissimo ma purtroppo non indicizzato per località, ma solo genericamente inventariato. Interessanti i "casi riservati", ossia le segnalazioni e assoluzioni di peccati che poteva assolvere solo il Vescovo (eretici, concubini, interdetti, scomunicati, ma anche solo bestemmiatori o gente che aveva ballato nei giorni festivi).
  
  
• Sezioni del Foro Criminale e del Foro Civile
  Contiene i processi contro i religiosi, che erano soggetti alla giurisdizione ecclesiastica. Curiosi i processi contro i preti che si non vestivano nel modo prescritto, andavano a caccia e portavano armi; inoltre c'e' una gran varietà di cause matrimoniali relative ad abusi o nullità.
  
  
• Sezione Legati
  Vi si trovano principalmente i documenti relativi ai legati pii ma specialmente alle cappellanie (dotazione, riduzioni, nomina dei cappellani); inoltre ci sono numerosi atti di visite vicariali, che completano così in modo capillare le più blasonate visite pastorali, fornendoci una notevole mole di dati. Il fondo non possiede alcun indice, salvo la generica suddivisione per pieve.
  
  
• Sezione Duplicati Stati d'Anime
  Vi si trovano alcuni stati d'anime, che furono espressamente richiesti ai curati per esigenze contingenti, e quindi non si tratta di serie complete, ma episodiche, che tuttavia possono essere importanti se sfortunatamente mancassero le pagine originali negli archivi parrocchiali.
  
  
• Sezione Pergamene
  Sono circa 2000, di cui circa 600 precedenti all'epoca di S.Carlo. Ne esiste un regesto scritto dal Palestra nel 1961, con tutti gli indici possibili, per cui la ricerca e' facile.
  
  
• Sezione Riti Sacri (Spedizioni varie)
  Vi si trova la documentazione sull'erezione e la ristrutturazione delle chiese, secondo un iter di domanda del parroco, permesso accordato dalla Curia, ispezione e OK definitivo. E' possibile così ricostruire le vicende architettoniche delle varie chiese e cappelle.
  
  
• Altre sezioni interessanti: Confraternite, Ospedali, Collegi, Ordini religiosi e Congregazioni.